¿Qué es una variante y por qué son importantes?
- La vigilancia genómica secuencia el material genético de los patógenos, lo que nos permite identificar y rastrear nuevas variantes de un patógeno como el SARS-CoV-2, y así ayudarnos a controlar la propagación de enfermedades como el Covid-19.
- El material genético del SARS-CoV-2, como el material genético de todos los organismos, tiene la capacidad de cambiar o mutar. Estas mutaciones pueden ser pequeñas, con poco o ningún efecto sobre las características del virus, o grandes con grandes consecuencias.
- Cuando el material genético de un patógeno muta de una manera que afecta la rapidez y facilidad con que el virus infecta las células o cuán letal es la infección, se consideran lo suficientemente diferentes como para llamarlo una variante.
- Las variantes se identifican mediante secuenciación genómica. Las bases de ARN de los virus SARS-CoV-2 que se encuentran en muestras de muchas personas infectadas se secuencian y comparan. Las diferencias en los genomas están relacionadas con diferencias en el comportamiento o la forma del virus para ver si son importantes para la salud humana.
- Las variantes han sido nombradas alternativamente después de donde se detectaron por primera vez (variante Reino Unido / Kent, variante de Sudáfrica …), sus nombres científicos (B.1.1.7, P1 …) y ahora el alfabeto griego (Alpha, Delta …).
Tabla de las variantes designadas de preocupación por la OMS en septiembre de 2021.
Crédito de la imagen: Genome Research Limited.
- Si aparece una variante que es lo suficientemente diferente de otras variantes para hacer que nuestra inmunidad contra infecciones o vacunas previas sea ineficaz, se llama variante de escape. Esencialmente ha «escapado» de nuestras protecciones existentes.
- Los científicos están constantemente en alerta por cualquier variante que muestre una nueva característica, por ejemplo, la variante Delta que surgió a principios del verano de 2021 y fue mucho más infecciosa que las variantes anteriores del virus.
- La recogida de variantes potencialmente problemáticas es donde la vigilancia genómica entra en juego. Los científicos identifican diferentes tipos de variantes:
- variantes preocupantes (COV), donde hay pruebas claras de que el virus se transmite más fácilmente, causa una enfermedad más grave o evita el sistema inmunitario
- variantes de interés (VOI) donde existe la posibilidad de que la variante se propague más fácilmente o sea más peligrosa
- Variantes bajo monitoreo, donde la vigilancia identifica una nueva variante pero aún no hay evidencia que sugiera que causará problemas
¿Qué es la vigilancia genómica?
- La vigilancia genómica es el uso de la secuenciación para controlar si la secuencia genética de un agente infeccioso está cambiando. Esto resulta en el descubrimiento de nuevas variantes, y permite a los científicos ver si se están volviendo más dominantes en un área en particular.
Visualización de los datos del genoma del SARS-CoV-2 en el Reino Unido que muestra cómo una nueva variante se está volviendo más dominante.
Crédito de la imagen: Microreact.
- Cuando se cree que una nueva variante se está propagando en un área, se puede implementar un regimiento de prueba aumentado, como las pruebas de sobretensión, para rastrear tanto la propagación como las características de la variante.
- Esta prueba es parte de la vigilancia genómica cuando se combina con la secuenciación y el uso de la bioinformática para identificar patrones en los datos recopilados. La vigilancia genómica es una herramienta poderosa, nunca más que cuando se utiliza en un brote de enfermedad como Covid-19, ébola o SARM (en inglés).
- En una pandemia como la covid-19, los datos de vigilancia genómica son muy útiles para los científicos que asesoran a los responsables políticos, ayudando a proporcionar la base de evidencia para las decisiones sobre restricciones o determinando si habrá nuevas oleadas de infección.
- Una ola es un resurgimiento de un virus a través de una población después de que se ha extinguido por un tiempo. Muchas pandemias tienen varias olas distintas. Si los científicos pueden identificar nuevas variantes del virus y pueden controlarse antes de que causen una nueva ola de infecciones, entonces se pueden salvar muchas vidas.
Gráfico que muestra tres olas de infección en la pandemia de covid-19 en el Reino Unido: cada ola es impulsada por la aparición de diferentes variantes.
Crédito de la imagen: Genome Research Limited, Johns Hopkins Coronavirus Resource Center
Artículo escrito por Valerie Vancollie, científica y líder de producto para el equipo de vigilancia genómica COVID-19″ en el Instituto Wellcome Sanger.